O Arquiteto diz que a versão atual em que Neo nasceu é a sexta versão. Também aprendemos que a primeira Matriz (a que o Agente Smith contou a Morpheus enquanto a torturava) foi projetada para ser uma utopia, que falhou, e então a segunda versão, embora mais real, também foi rejeitada pelos seres humanos. A terceira versão da Matrix incorporou as mudanças sugeridas pela inteligência que conhecemos como Oracle, onde 99,5% da população aceitaria o programa porque recebiam um nível subconsciente de escolha para fazê-lo. A falha fundamental é que aqueles 0,5% que não aceitam o programa "acordariam", e teriam que ser sacrificados ou fugir para fortalecer os rebeldes em Sião. Esse 0,5%, trabalhando dentro da matriz, acabaria por causar a queda completa do Matrix, mostrando às pessoas que elas viviam em um mundo de sonhos. Então, um segundo nível de controle foi criado onde o próprio Zion foi criado, permitido crescer, e então eliminado com a chegada do Um, que iria "reiniciar" todo o sistema, tanto o Matrix quanto o Zion, no processo permitindo que as máquinas e o Um para "ajustar" o ambiente Matrix para torná-lo mais realista, e os sistemas de controle mais eficazes. Quatro dessas iterações ocorreram a partir do despertar de Neo, para tornar a sexta versão do mundo de Neo.
Se aceitarmos um tempo de ciclo de aproximadamente 100 anos, como visto na versão atual, o Matrix funcionará em seu estado atual de coisas (versões 3-6) por aproximadamente 400 anos. Nós poderíamos provavelmente adicionar outros 20-30 anos dos seres humanos, sabendo que eles estavam ligados, mas incapazes de fazer algo sobre isso, enquanto as máquinas desenvolveram o Matrix e através de suas duas primeiras versões. Assim, a Matrix provavelmente tem funcionado por aproximadamente 420-450 anos, o que significa que o ano verdadeiro está em algum lugar no século 25, não no 21º como os residentes da Matrix acreditam, ou no 22º como os rebeldes pensam.
Entenda que o Matrix pode ser qualquer coisa que as máquinas precisem. Assim, toda a história passada da civilização, incluindo novas coisas que descobrimos diariamente, é de acordo com os filmes simplesmente dados injetados pelas máquinas. O primeiro dia de cada nova versão Matrix está em algum lugar no final dos anos 90, e todos simplesmente "acordam" para essa rede neural, onde certas pessoas são reconhecidas como parentes ou amigos, e outras são completas para substituir pessoas que achamos reais, mas que simplesmente não tem um corpo de carne e ossos em uma vagem.