Com base no link fornecido por @fez nos comentários, podemos assumir algumas possibilidades:
É um aviso
Durante o filme, descobrimos em um ponto que os Engineers decidiram lançar uma das armas na Terra. Pode-se pensar que eles alertaram os humanos em um sentido bíblico. Quase como um "Comporte-se ou morra" significando. Mas seus planos acabaram cedo e conseguimos encontrá-los milhares de anos depois.
Eles nunca esperaram que os humanos fossem tão longe
Talvez eles planejassem desde o começo matar todos na Terra, muito antes de sermos capazes de alcançar a "Fronteira Final", então por que se preocupar em esconder algo de formas de vida muito primitivas? Neste caso, eles poderiam esperar que os humanos alcançassem a tecnologia de viagens espaciais algum dia, mas isso não importaria, ou eles nunca esperavam isso.
Teste
O roteiro não deixa claro, mas eles poderiam ter nos criado (Humanos), e chegar a um ponto exato no espaço baseado em um desenho de caverna seria um bom desafio para validar nossa própria evolução.