Como mencionado por jonnyflash, parece razoável supor que a Phoenix poderia, se quisesse, restaurar a população mutante. A Força Fênix é uma das forças mais poderosas do universo Marvel e tem poder suficiente para realizar o que quiser. Por exemplo, ele já alcançou o tempo para enviar um comando telepático e alterar a linha do tempo. (Veja os Novos X-Men de Morrison.)
Então a pergunta é: por que o Cyclops acha que ajudará a mutante, em vez de apenas vasculhar o planeta da vida?
Isso ainda não está claro, mas há algumas peças que podem nos ajudar a ver isso na perspectiva do Cyclops.
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Anfitriões anteriores da Força Fênix mostraram controle sobre suas habilidades. Como Hope é o próximo navio da Fênix, parece que ela poderá exercer alguma influência sobre o que faz. Ciclope, eu imagino, é apostar que a Esperança será capaz de influenciar a Fênix o suficiente para usá-la para restaurar a raça mutante.
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A Força Fênix é uma força de morte, mas também de renascimento. O símbolo da fênix representa isso. Jean Grey, quando apresentava a Phoenix, referiu-se ao seu propósito como "queimar o obsoleto". Presumivelmente, Cyclops acha que os mutantes não são obsoletos, já que ele vê a humanidade como o futuro da humanidade. (Espera-se que ele acredite que a humanidade também será poupada do julgamento da Fênix, embora isso possa ser uma preocupação secundária.)
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Jean Grey pode continuar a influenciar a Fênix. Isso é bastante especulativo, mas é o tipo de coisa que Cyclops pode realmente acreditar devido à sua extrema fé em Gray e suas habilidades. A Força Fênix tem repetidamente mostrado um apego a Jean Grey e a mutante, então pode haver algo nisso.
Resposta curta: Provavelmente é um palpite, mas há algumas evidências interessantes. Ele provavelmente acha que Hope será capaz de controlar a Fênix e usará seu poder para restaurar com segurança a população mutante a seus níveis anteriores de crescimento.