Sim
Em D & D 5e, uma regra significa o que diz e não mais (a menos que o DM decida de outra forma, o que eles têm sempre o direito de fazer). Pela descrição do Hex Warrior na pergunta:
Whenever you finish a long rest, you can touch one weapon that you are proficient with and that lacks the two-handed property.
Uma lança não possui a propriedade de duas mãos e se qualifica para este requisito, mesmo que você deva utilizá-la com duas mãos quando não estiver montada.
Jeremy Crawford governou da mesma forma na situação do monge empunhando um quarterstaff em duas mãos, apesar das armas com o propriedade de duas mãos sendo proibida da categoria de armas de monge:
Crawford é claro aqui em sua intenção: empunhar uma arma com a propriedade de duas mãos e empunhar uma arma em duas mãos não é funcionalmente equivalente nas regras.Yep! The prohibition is against a weapon with the two-handed property, not against using a weapon with two hands.
O Mestre, é claro, está sempre livre para decidir o contrário, particularmente em situações como esta, onde pode fazer sentido fazê-lo.