Bem, sim, tecnicamente, o que temos aqui é apenas um erro de continuidade que, graças ao fato de o cronograma ter sido alterado com a intorudção de DoFP, nós nunca veremos apagados, mas com um pouco de trapaça dos fanfictions, eu acho é possível chegar a uma resposta bastante plausível.
Sabemos que Charles estava tomando o soro que lhe deu a habilidade de andar em 1973. Como ele estava tomando muito do soro, isso o privou de suas habilidades psíquicas. Na linha do tempo DoFP - a linha do tempo alterada - Wolverine viaja de volta aos anos 70 e seu envolvimento efetivamente termina o vício de Charles no soro, mas na linha do tempo original, Logan nunca interagiu com Charles nos anos 70, então é compreensível que Charles continuasse levando o soro até os anos 80. Se ele diminuísse sua dosagem gradualmente, ele recuperaria seus poderes psíquicos, mas manteria a capacidade de andar.
Quanto ao fato de que ele é amigo de Erik no último flashback; Eu pessoalmente não acho que seja muito improvável que eles possam ter juntado forças novamente temporariamente, e então separados antes dos eventos de X-men 1 novamente, possivelmente devido a seus ideais contrários.