Em geral , você vai querer usar transporte público o máximo possível no Japão. Trens viajam pelo país e são limpos, pontuais e acessíveis, enquanto que com carros, dirigir nas rodovias é muito caro (Tóquio-Osaka custa US $ 150 em pedágio), dirigir em áreas urbanas é doloroso (estradas muito estreitas, estacionamento caro) e o gás é caro em todos os lugares.
A principal exceção é se você planeja explorar o campo profundo. Hokkaido fora de Sapporo, em particular, é definitivamente melhor explorado de carro, assim como os Alpes do Japão e o resto da espinha montanhosa do Japão.
A solução mais fácil é, portanto, combinar os dois: pegue o trem para a área geral que você deseja explorar e alugue um carro na estação. O serviço Ekiren da JR (também conhecido como "Trenta", como no trem-locadora de veículos) é a melhor maneira de fazer isso, e eles muitas vezes têm pacotes promocionais que combinam bilhetes de trem e aluguel de carros. Infelizmente, o site de Ekiren é apenas japonês, mas Japan Experience e ToCoo! ofereça wrappers em inglês ao redor, com suporte na estrada em inglês também.