1) Where are other ships and what happened to them?
O filme não nos fornece a resposta sobre o que acontece com os outros navios. Neste ponto, não podemos fazer nada além de especular todos aqueles que são e porquês.
É claro que você não atravessa todos esses navios gigantes em um só lugar. Eles estão espalhados pelo universo (bem dentro da distância permitida). Aqueles não foram mostrados provavelmente como a história pode ser executada de forma independente, sem quaisquer informações necessárias deles.
2) Why does only one ship provide operations with EVE on Earth?
Nós vemos que a Buy-N-Large tem o monopólio de supervisionar o bem-estar das pessoas e da sociedade. Eles têm o poder de governança na espaçonave e podemos assumir que eles também controlam outras espaçonaves. Assim, quando uma unidade deles está enviando EVE para verificar o estado da Terra, as outras unidades se abstêm de desperdiçar seu poder de trabalho.
Também há outra possibilidade. Outros podem ter enviado outros EVEs em outras partes da Terra, mas eles não acabaram com os eventos interessantes como o EVE, então não precisamos deles na história.