Então, vejo o comportamento dele como consequência de duas coisas:
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Desde que ele acredita que Alex é o seqüestrador, ele vê Santo como apenas protegendo Alex, não revelando seu segredo ou, na melhor das hipóteses, cuidando das crianças seqüestradas. Ergo, ela realmente não representa uma ameaça.
Eu acho que ele confirma isso quando ele vem em sua casa e, obviamente, tentando arduamente se conter, diz
I don't want to have to hurt you. I know they were here.
Isso é dito de maneira pacífica, mas ameaçadora. Além disso, não é "(eu sei) que você os levou", mas apenas "eles estavam aqui".
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Toda a realização foi um choque, após dias de busca infrutífera e tortura de Alex. Ele não está em seu juízo perfeito, e ele não pensou em tudo.
Além disso, ele não estava completamente despreparado. Depois que Holy o joga naquele buraco debaixo do carro velho, ela volta para casa e começa a passar pela bolsa de ferramentas (a que ele tinha na frente dela quando ele disse que não queria machucá-la), onde ela encontra sua arma. Então, ele foi rotineiramente preparado, mas não pelo "Santo é o único culpado aqui, não por Alex, que ele estava a salvo", o que a fez melhor preparada.