Eu não acho que isso tenha sido explicado no programa ainda, então a única coisa que podemos fazer é recorrer ao material original e esperar que seja semelhante.
Nos quadrinhos, o ódio de Thawne por The Flash foi um exemplo típico de um paradoxo de predestinação. Eobard Thawne inicialmente considerou o Flash (a versão de Barry Allen) como um herói, e passou grande parte de sua vida tentando replicar o Speed Force. Ele até consegue adquirir a esteira de Allen - a coisa (nos quadrinhos) que deixa Barry viajar no tempo. Infelizmente, para chegar a esse ponto, Thawne (ou, mais frequentemente, versões futuras de Thawne) acabam matando um monte de pessoas, ou fazendo coisas muito ruins no passado. Quando Thawne realmente viaja de volta no tempo para encontrar Barry Allen, ele vai ao museu Flash e vê uma exposição para si mesmo - como o maior vilão do Flash, o Professor Zoom.
Isso basicamente leva Thawne à loucura, e ele começa a fingir ser Barry Allen, e luta ao lado de Wally West (O Flash na época - Thawne acidentalmente se mandou para um ponto depois de Crise em Infinitas Terras Quando o verdadeiro Barry Allen desapareceu e foi dado como morto. Eventualmente, porém, Wally descobre que ele não é realmente Barry Allen, e o envia de volta ao seu próprio tempo. Quando Thawne volta, ele não se lembra de nada sobre o que aconteceu com ele, mas ainda é louco, e agora tem um profundo ódio inexplicável por Barry Allen.