Significa, não registre essa transição você mesmo. O ATC pode atribuí-lo, mas é sua opção atribuí-lo ou deixá-lo no que você arquivou.
Eu posso entender que as altitudes podem ser "pelo ATC", mas por que uma rota também pode ser marcada com "pelo ATC"? Todas as rotas SID precisam de autorização prévia da ATC, certo?
Por exemplo, no SID RWY 16 para ZGSZ / SZX, MEPOG-7X e LKC-7X são "pelo ATC", enquanto outros não são. Eu sei que o LKC-7X não é uma rota regular, mas ainda assim: o que significa "ATC" aqui?
(Fonte: ZGSZ AD 2.24-7F, AIP China)
Significa, não registre essa transição você mesmo. O ATC pode atribuí-lo, mas é sua opção atribuí-lo ou deixá-lo no que você arquivou.