Sim, acho que você está correto, embora o fraseado seja incomum. A frase usual é "clearance on request", que é usada para partidas IFR, conforme explicado em artigo da AOPA :
Experienced instrument pilots know that when they call to request their clearance, the controller may not yet have received it. "Clearance on request" is ATC's way of politely saying "I don't have it - I've requested it - you'll be the first to know when I get it!"
A única referência da FAA para a frase que encontrei está enterrada no glossário do Manual do Piloto de Conhecimento Aeronáutico :
Clearance on request. An IFR clearance not yet received after filing a flight plan.
Mas como RalphJ comentado , se este é um cenário VFR e você precisou de um código de depuração e transponder classe B, então presumo que o controlador disse" código a pedido "para informar que ele estava esperando por um código de transponder para você , como você assumiu.
Não foi uma instrução como tal, então você poderia apenas reconhecer isso com "Roger" ou qualquer outra coisa. Veja esta questão para mais informações.