Sim, existem riscos. Evitar esses riscos é o objetivo da rotulagem segura para microondas.
Quando o plástico é marcado como seguro para micro-ondas (nos EUA), isso significa que o material foi testado e descobriu-se não liberar substâncias químicas prejudiciais quando aquecido, pelas diretrizes do FDA. Esta é uma afirmação mais strong do que apenas que não derrete. Algo que não seja seguro no microondas pode não mostrá-lo visivelmente; pode lixiviar produtos químicos sem derreter.
É perfeitamente possível que algo não marcado como seguro para micro-ondas possa ser seguro e não ser testado. Mas você não tem como saber, e você deve assumir que qualquer coisa não identificada poderia ser prejudicial.