Não há autopiloto civilliano para um F-16, porque não há F-16s não militares. Idem com o F-117 ou B-1 ou B-2, então quem sabe que modos únicos esses pilotos automáticos têm para suas missões militares únicas (ou seja, soltar bombas ou ter baixo nível de terreno). No entanto, quando a aeronave militar tem um equivalente não militar (KC-10 / DC-10, KC-135 / B707, C-40 / T-43 / B737, C21 / Learjet, T-44 / C-12 / KingAir, etc) então os pilotos automáticos são geralmente idênticos.
Quaisquer diferenças são mais prováveis de serem encontradas no software FMC do que no piloto automático, e essas diferenças seriam muito específicas para cada aeronave & sua missão.