Eu não posso dar uma resposta definitiva, mas posso dizer o que influenciaria esse número sendo colocado na aleta.
A aeronave WW2 RAF tinha um ' Fin Flash com um número de série. O irmão mais velho de Gerry Anderson era piloto da RAF e depois ele próprio serviu na RAF, então ele deveria estar muito familiarizado com a nadadeira. flash e outras marcações no plano que teriam influenciado strongmente as marcas em suas máquinas fictícias.
Em Thunderbirds cada machine tem um número em seu fin indicando sua ordem de construção, uso ou importância. Mesmo que o Stingray tenha sido feito antes dos Thunderbirds, o pensamento de numerar as máquinas é provavelmente semelhante ao empregado para os Thunderbirds. Assim, é mais provável que o terceiro ponto da questão seja a razão pela qual o número 3 é usado, já que este é o terceiro veículo em uso que também está alojado em uma caneta numerada correspondente. Se houvesse apenas um único submarino, não haveria nenhum número na aleta.
Dadas essas influências, podemos supor que há um número na nadadeira porque a frota de Marineville a utiliza para identificar seus navios de maneira similar à RAF e é o número três porque Stingray é o terceiro navio.