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Você está interpretando mal a citação - não há apoio canônico para a alma estar envolvida em Fidelius.
Flitwick diz "uma única alma viva" - não "a alma".
Há uma expressão inglesa em que "alma viva" significa "pessoa" (embora seja mais freqüentemente usada em sua forma negativa - "não uma alma viva", que significa "ninguém").
Nesse caso, ele simplesmente quis dizer "dentro de uma única pessoa".
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Dito isto, a outra pergunta permanece. Alma ou não, alguém pode dizer quando se tornou um guardião secreto?
Nós não temos suporte direto para isso, já que os únicos exemplos de guardiões secretos de Fidelius que foram resultado do charme aconteceram 100% "fora da tela" e JKR nunca abordou essa informação em Pottermore ou entrevistas que eu pude encontrar.
MAS, sabemos que quando um Secret Keeper morre, todos que conhecem a informação se tornam novos detentores de segredo.
E nesse caso específico, conhecemos várias pessoas que se tornaram guardiões secretos de Grimauld Place quando Dumbledore morreu - no entanto, nenhuma delas foi mostrada como percebendo que algo havia mudado e agora elas eram Secret Keepers. Não é exatamente uma prova definitiva, mas parece mais provável do que você não saberia.