Não é uma questão de necessidade, é uma questão de cautela. De maneira similar à BSG, a guerra é dirigida por máquinas que não se beneficiam da passagem do tempo e de sua erosão da memória humana. Se você assistir ao Animatrix, isso mostra que a base da guerra foi a incapacidade dos humanos de ver os robôs como uma forma válida de vida, e a tentativa dos humanos de erradicar as máquinas agora sensíveis.
No entanto, ao contrário dos seres humanos e vários extermínios do nosso passado, esses eventos não ocorreram com alguns ancestrais distantes das máquinas atuais, isso aconteceu com ELES. Em seus olhos, a humanidade tinha uma chance de igualdade que fracassou, a única outra opção era erradicar.
Então a humanidade chamuscou o céu.
Agora eles tinham um problema duplo, como lidar com os humanos, em quem não se pode confiar, e como continuar a sobreviver com poder limitado. Assim chegamos à solução que eles têm. Você não pode convencê-los de que tipo humano "aprendeu". Somos a mesma raça que tentou eliminá-los da Terra duas vezes. Nós somos a mesma raça que destruiu os poderes de vida do nosso próprio planeta, assegurando nossa própria destruição final, simplesmente porque não poderíamos deixar as máquinas terem poder, sua única cidade.
O Arquiteto não é sobrecarregado pela emoção humana, ele não vê perdão ou valor redentor em humanos, tudo o que ele vê são problemas e soluções. E esses problemas são absolutos e sustentadores.
Pessoalmente, acho que eles deveriam ter exterminado toda a raça humana e usado apenas vacas. Mas, novamente, eu sou um Cylon (spoilers).