Resposta curta
As regras não são completamente claras sobre isso, mas na ausência de uma exceção, eu diria que seu Alquimista obtém fórmulas adicionais se sua inteligência aumentar permanentemente , e a primeira citação de James Jacobs que você cita parece apoiar isso. Isso não é menos "ilógico" do que o fato de os alquimistas obterem novas fórmulas quando subirem de nível.
Resposta longa
O mais perto que chegamos do RAW é sob Pontuação de Habilidade de Bônus / Bônus permanentes :
Ability bonuses with a duration greater than 1 day actually increase the relevant ability score after 24 hours. Modify all skills and statistics related to that ability. This might cause you to gain skill points, hit points, and other bonuses. These bonuses should be noted separately in case they are removed. (PCR 555, my emphasis)
Isso é apoiado pelo comentário de James Jacobs em o primeiro post que você mencionou :
All bonuses are retroactive when an ability score increases, be they bonuses to damage, to skill ranks, to hit points, to saves, to skill checks... all of them. Skill ranks not being retroactive are a 3.5 convention we specifically removed from the game because it was a weird exception to the rule, and since now there are no exceptions to this rule, there's no need to specifically state that skill ranks are retroactively granted if your Intelligence goes up.
A menos que ele tenha esquecido as fórmulas de feitiços / alquimistas, etc, nenhuma exceção significa nenhuma exceção.
Se você está procurando uma lógica baseada em regras, eu diria que não é mais ilógico para o seu Alquimista ganhar uma fórmula porque sua inteligência aumentou permanentemente do que quando ele sobe um nível:
An alchemist begins play with two 1st level formulae of his choice, plus a number of additional formulae equal to his Intelligence modifier. At each new alchemist level, he gains one new formula of any level that he can create. (http://www.d20pfsrd.com/classes/base-classes/alchemist)
Em termos de lógica do mundo real, você poderia apenas dizer que seu alquimista tinha lutado para entender a nova fórmula, e não foi até que sua inteligência aumentou que "o centavo caiu".