Há algo ... nesses pedaços de madeira. (Detalhado o suficiente para você?)
Ok, então eu teria dito inicialmente a temperatura até que você mencionasse que eram apenas peças específicas, o que me leva a pensar em umidade, mas mesmo isso iria se cruzar ...
Minha melhor sugestão é colocar as manchas na areia, limpá-las com um pano umedecido com solvente, diluidor de verniz talvez (não despeje) e depois aplicar um tratamento de madeira nas manchas. Então re-revestimento.
Edit: Para responder a sua pergunta nos comentários
Sim, deveria ter mencionado isso, você precisará lixar antes de concluir as etapas que descrevi. Se não for muito difundida, eu usaria um raspador para tirar os pedaços grandes e depois uma lixa bem fina e fazê-lo à mão. Se houver muito, eu iria com uma lixadeira ou lixadeira. Você não quer nada que gire, isso deixará marcas visíveis no final.