Eu viajo regularmente com o Flixbus e não haverá problemas. Na maior parte do tempo eu nem compro um ingresso para toda a jornada que estou fazendo, e fiquei nervoso uma vez, quando ficou esgotado na seção pela qual eu não tinha pago, para que eles pudessem conferir os ingressos de todos e me jogue fora. De alguma forma, no entanto, foi resolvido sem problemas.
Obviamente, já que você (presumivelmente) tem um ingresso válido para a viagem inteira, não há motivo algum para quaisquer problemas.
Você também não consegue um assento específico. Então, você está bem.