O Animatrix tem histórias prequel, bem como histórias concorrentes para o Matrix. Uma das histórias até se torna explicitamente canônica quando o protagonista se torna um personagem menor, mas importante, nas Revoluções.
Kid from Kid's Story shows up in Reloaded, but becomes important in Revolutions, when he helps save people during the Battle of Zion.
A história em si acontece entre Matrix e Reloaded.
Não há spoilers para Reloaded ou Revolutions em nenhum dos 9 curtas-metragens.