A resposta curta: Não sabemos. Nunca foi explicado no MCU exatamente como as partículas de Pym afetam a massa dos objetos sob sua influência. Fora do universo, isso porque a física simplesmente não funciona.
A suposição mais lógica: No universo, há uma coisa em que podemos nos apoiar para ajudar a manter nossa suspensão da descrença: simplificação plausível.
Simplificando, as afirmações de Pym não são uma visão abrangente da tecnologia, são uma observação de um especialista a um leigo. "Diminui a distância entre os átomos" pode ser literalmente a verdade, mas provavelmente é mais como dizer que meu computador "é alimentado por um raio". A maioria dos princípios científicos e mecânicos são explicados usando frases que não são literalmente verdadeiras: carros na verdade não "queimam gasolina" (eles mantêm uma série auto-sustentável de explosões em miniatura), o espaço na verdade não "suga o ar" uma câmara de ar (o ar se expande rapidamente no volume de espaço vazio de menor densidade) e as bombas nucleares na verdade não "dividem" átomos pela metade (eles usam nêutrons livres para quebrar as partículas dentro dos núcleos atômicos).
É possível (francamente eu acho que é quase certo) que as partículas de Pym tenham um efeito MUITO mais complicado do que simplesmente aproximar átomos. Eles provavelmente afetam a vibração das supercordas para alterar a própria estrutura da matéria, ou algo assim. Nós não estamos testemunhando uma simples redução de tamanho, estamos testemunhando um novo ramo da física.
Independentemente de quaisquer comentários feitos por Hank Pym a um estranho, podemos logicamente presumir que as partículas de Pym agem de formas muito complexas e totalmente inesperadas. Evidentemente, a redução na massa com retenção de força é apenas um dos fenômenos inesperados associados à descoberta de Pym, um efeito colateral de qualquer processo físico que as partículas de Pym estejam instigando.