Após a morte de sua esposa durante a batalha de Wolf 359, Sisko estava prestes a deixar a Frota Estelar. Nós vemos claramente o trauma que ele estava enfrentando por meio de suas interações com Picard. Antes de renunciar a sua comissão, no entanto, ele foi nomeado para o posto de comando no Deep Space Nine pelo vice-almirante Leyton.
Leyton era o ex-oficial de comando de Sisko, os dois tendo atuado juntos a bordo do USS Okinawa . Vale a pena notar que Sisko era originalmente um engenheiro, e só se juntou à divisão de comando depois que Leyton reconheceu seu potencial e o promoveu a oficial executivo. Leyton também acabou sendo um antagonista mais tarde na série quando tentou iniciar um golpe contra a Federação.
Sisko certamente não queria a tarefa no DS9; ele mesmo disse no episódio piloto que ainda estava pensando em sair para serviço civil na Terra. Mas acho que ele rapidamente ficou irrevogavelmente envolvido na situação quando foi nomeado o emissário dos profetas - uma posição que o tornou excepcionalmente adequado para facilitar a entrada dos bajoranos na Federação.
Então eu diria que podemos inferir que ele deu a designação porque Leyton foi agressivo e manteve por causa de seus laços com a religião bajorana.
Fora do universo, eu diria que sua propensão para explosões emocionais foi uma tentativa deliberada de distinguir o personagem de Picard e enfatizar a distância literal e figurativa entre o DS9 e a própria Federação. Se bem me lembro, sua atitude foi mais ajuda do que obstáculos em muitas ocasiões!