I have B1-B2 visa and I work in USA on my J1 SSN.
O número do seguro social não tem nada a ver com o seu status de imigração. Depois de ter um número, ele é seu para a vida toda, mas o fato de você ter um número não significa que você está autorizado a trabalhar nos EUA.
I was getting paid in checks which were taxed properly on my SSN.
O fato de os impostos de renda terem sido retidos também não significa que tudo sobre seu trabalho nos EUA seja legal. Significa apenas que o seu empregador cumpriu as leis relativas à retenção fiscal.
Could I have problems on my return to USA in two months? Because technically I shouldn't work on B1-B2 but I didn't have problem finding jobs just with my SSN.
Sim, você pode ter problemas, porque, como você observou, você não tem permissão para trabalhar nos EUA enquanto estiver no status B-1 ou B-2. O fato de um empregador ter contratado você não o isenta da obrigação de cumprir as condições do seu status de imigrante.