I am wondering if we have to leave Mexico before the 90 day time frame is up on our esta (VWP) in order to be allowed re-entry to the US.
Não.
or if we are fine to re-enter as we left the states before the 90 day period was up and won't be returning until after we have been through Central.
Sim.
As regras relativas a viagens para o México (entre outros países) destinam-se a impedir que as pessoas usem essas viagens para contornar o limite de 90 dias em visitas do VWP, e essas regras deixam bastante discrição nas mãos da imigração. oficial. A probabilidade de você se unir aos EUA dependerá em parte de quanto tempo você pretende ficar, o que você não mencionou aqui, mas a partir das informações que você nos deu, não há nada que possa impedi-lo automaticamente de reentrar. O momento da sua viagem do México para a América Central não é relevante.