O MCU é um universo que faz parte do Multiverso. É paralelo ao universo de Howard, o Pato (que estava em Guardiões da Galáxia). Também é paralelo ao universo principal de quadrinhos, o universo dos filmes X-Men, o universo X-Men, e basicamente todos os outros na wiki da Marvel.
Universos paralelos existem independentemente um do outro. Lembre-se, as Pedras do Infinito vieram de alguma outra parte do Multiverso. Eles introduziram a ideia em Doctor Strange para que os espectadores tenham pelo menos uma pista do que está acontecendo se reiniciarem toda a franquia ou, por exemplo, conseguirem os direitos dos filmes de personagens mutantes, as histórias dos X-Men têm muita história interna Então, se eles recuperarem os direitos, eles podem ter o início dos mutantes aparecendo, causando muitas mudanças em backstories como Magneto, que tem feito sua coisa pública por décadas.
Caso contrário, eles teriam que explicar como ninguém tinha sequer ouvido falar dos milhões de personagens mutantes, então eu apostaria que eles ou redefiniriam o universo inteiro para que houvesse mutantes o tempo todo, ou eles lembrariam espectadores do multiverso, e os mutantes existentes vêm do seu atual universo de propriedade da Fox, até mesmo tocado pelos mesmos atores.