Sim, é bom desligar a energia e você deve. Os fios que vão para o termostato são de baixa voltagem (tipicamente 24V CA), mas conectar os errados ainda pode danificar potencialmente o circuito de controle.
A maioria dos fornos feitos nos últimos 10 a 20 anos usa ignição eletrônica, então não há luz piloto para se preocupar (se é com isso que você está preocupado). Mesmo com uma luz piloto, eu não acredito que seria um problema, mas na pior das hipóteses você teria que acender novamente o piloto.