Se você tiver a opção de usar algum tipo de modelo, brinquedos, etc., que permita a visualização, é o melhor.
Se você não fizer isso, veja algumas opções:
1) Duas camadas, duas cores
No seu mapa, use duas cores de marcadores - um é o nível superior, um é o nível inferior. Para o seu mini, você vai querer algo como elásticos coloridos, bandeiras ou para empilhá-los em cima de uma base / token indicando quais são para cima / para baixo.
2) Mapa de quebra
Isso só funciona se você não tiver muita área sobreposta - você pode colocar as áreas superiores em paralelo e mais longe no mesmo mapa de grade para as áreas inferiores. Eu usei isso para uma luta em uma série de plataformas / andaimes de construção, e funcionou bem o suficiente.
3) Mapas paralelos
Obtenha várias grades de mapa separadas, cada uma representando um nível diferente.
Isso funciona melhor se houver muitas áreas sobrepostas, em que as pessoas possam correr / subir e descer, mas não onde lutarão, atirando flechas, etc. entre andares com muita frequência. Você quer manter a ação em um único mapa e não ter um mini em um mapa, disparar ataques à distância em alguém descendo escadas, o que significa correr para o outro mapa e ver como eles se alinham.
Tudo isso requer você, e seu grupo tem boa visualização espacial e habilidades de comunicação, caso contrário, você acaba ficando com as pessoas MAIS confusas. Geralmente terreno feito até de papelão ou legos, funciona melhor para visualização e para mais pessoas acompanhando seu posicionamento.