Você precisa lembrar que The Doctor e River se encontram na ordem "reversa". A primeira vez que o médico a conheceu, foi a última vez que River se viram, e vice-versa.
O Doutor está triste porque sabe que é a última vez que vê River nessa encarnação. De fato, a próxima vez que eles se conhecerem, de acordo com a linha do tempo de River, estará nos episódios Silêncio na Biblioteca / Floresta dos Mortos , que é uma aventura do Décimo Doutor, na Série 4. esse episódio ... (SPOILERS AHEAD)
River sacrifices herself to save the Doctor and all the people in the Library. That's her "death", so to speak, and the Doctor is sad about that.
Do roteiro de Floresta dos Mortos (ênfase minha)
RIVER: Funny thing is, this means you've always known how I was going to die. All the time we've been together, you knew I was coming here. The last time I saw you, the real you, the future you, I mean, you turned up on my doorstep, with a new haircut and a suit. You took me to Darillium to see the Singing Towers. What a night that was. The Towers sang, and you cried. You wouldn't tell me why, but I suppose you knew it was time. My time. Time to come to the library. You even gave me your screwdriver. That should have been a clue.