Acho que depende da companhia aérea com a qual você está viajando e de qual aeroporto.
Algumas companhias aéreas lançaram cartões de embarque para celular (o nome exato pode variar entre companhias aéreas). Com isso, você pode acessar seu cartão de embarque em seu telefone, e o código de barras pode ser escaneado nos vários pontos em que é necessário um cartão de embarque. Como a infraestrutura aeroportuária precisa ser atualizada para poder ler os cartões de embarque móveis, ela não está disponível em todos os destinos da companhia aérea.
Normalmente, isso é feito por meio de um aplicativo em seu telefone. O aplicativo permite que você puxe seu cartão de embarque, permita que ele seja atualizado, se solicitado, e garante que as informações sejam apresentadas no tamanho e no formato necessários. Em alguns casos, porém, acho que é feito com um PDF.
No caso do Kindle, se a sua companhia aérea oferecer suporte a cartões de embarque para celular, esperaria que você usasse o cartão. Apenas certifique-se de que o código de barras 2D, o número do voo e seu nome sejam exibidos na tela ao mesmo tempo, para que tudo o que é necessário para um ser humano e para o scanner de códigos de barras esteja disponível de uma só vez.
Se sua companhia aérea não suporta cartões de embarque para celular, provavelmente você está sem sorte. Mesmo que usem códigos de barras 2D em seus cartões de embarque impressos, o leitor de código de barras pode ter problemas com a leitura da tela de tinta eletrônica, portanto é improvável que você consiga usá-lo. A única boa notícia é que cada vez mais companhias aéreas estão lançando cartões de embarque móveis (pois são mais convenientes para os usuários e mais convenientes para empurrar mudanças do que reimprimir cartões de embarque), e mais aeroportos estão apoiando-as.