Sem malas despachadas, isso deve ser possível, mas você terá que passar pela imigração. O terminal 2 da MUC tem um tempo mínimo de conexão de apenas 30 minutos , então você tem tempo suficiente se não houver atrasos.
No entanto, organizando sua própria conexão com dois tickets separados, você está assumindo a responsabilidade por atrasos. Se o seu primeiro voo estiver atrasado e perder o voo de Lisboa, a companhia aérea poderá fazê-lo comprar um novo bilhete para um voo futuro com o preço total, o que poderá ser bastante dispendioso. Você também será responsável por suas despesas se tiver que pernoitar até o próximo vôo.
Pessoalmente, tento evitar passagens separadas e deixo substancialmente mais tempo entre os voos quando as reservo, mas isso depende da sua tolerância ao risco e do potencial de economia / custo das opções.