A novelização de James Kahn de Return of the Jedi contém uma cena em que Palpatine descobre a morte de Yoda de Luke; a cena deixa claro que ele faz lembrar Yoda, mas não sabe o que aconteceu com ele:
The Emperor tapped his fingers on the arm of the throne, recalling. 'There was one called... Yoda. An aged Master Jedi... Ah, I see by your countenance I have hit a chord, a resonant chord indeed. Yoda, then.'
[...]
'This Yoda,' the Emperor mused. 'Lives he still?'
Luke focused on the emptiness of space beyond the window behind the Emperor's chair. The deep void, where nothing was.
Nothing. He filled his mind with this black nothing. Opaque, save for the occasional flickering of starlight that filtered through the ether.
'Ah,' cried Emperor Palpatine. 'He lives not. Very good, young Skywalker, you almost hid this from me. But you could not.
Return of the Jedi - Novelization Chapter 7
Como esta é uma versão expandida de uma cena do filme, a canonicidade final deste detalhe é questionável. Independentemente disso, até onde eu sei, a única discussão explícita no cânon funciona.
Dito isto, esta parece ser a resposta mais provável. Não há razão aparente para suspeitar que Palpatine esqueceria Yoda; eles foram mais do que contatos conhecidos, afinal de contas, e trabalharam juntos de perto por vários anos. Da mesma forma, Yoda estava deliberadamente escondendo-se dos sentidos de Palpatine, então parece duvidoso que o Imperador tenha algum conhecimento especial de seu destino.
1 Eu devo talvez dizer que ele provavelmente não sabe; raramente é sábio ter Palpatine em sua palavra