Se bem entendi, você tem as unhas de cabeça pequena empurradas verticalmente pelas tábuas do piso e niveladas com a superfície. Eles estão trabalhando para cima da flexão para cima das pranchas enquanto você anda.
Eu iria adquirir um conjunto de unhas do tamanho correto para suas unhas e levá-las um pouco abaixo da superfície do piso. Isso servirá para travar as unhas no piso acabado, e qualquer movimento ocorrerá no subpiso. Você poderia então usar uma massa colorida para escondê-los.
Outra solução seria puxar as unhas com um alicate de ponta fina ou outra ferramenta semelhante e substituí-las por pregos ligeiramente mais longos, maiores ou com haste de anel para dar uma pegada mais strong.