Isso seria difícil de responder sem saber do paradeiro exato de Rex durante a Ordem 66.
A menos que ele seja um dos 501 que atacou o Templo Jedi com Anakin, não é absurdo sugerir que ele - junto com a maioria da galáxia - não tem idéia de que Vader é na verdade Anakin.
Até onde sabemos de cânone, a última vez que Rex interagiu com Skywalker foi na Batalha de Quell. Portanto, não há razão para acreditar que nem Rex, nem seus amigos Wolffe e Gregor (também desertores Clone Troopers), teriam acesso à verdadeira identidade de Vader. Ele provavelmente acreditaria na propaganda imperial que afirma que Anakin Skywalker morreu como Cavaleiro Jedi.
Escusado será dizer que isto pode mudar num futuro episódio. Até que aprendamos mais, podemos ter que assumir que Rex e seus dois colegas foram
living in the abandoned AT-TE since the Republic fell.