Eu acho que foi uma escolha deliberada feita pelo diretor / escritores ao invés de qualquer sugestão sobre as origens do obscuro.
No filme, descobrimos que eles geralmente acontecem quando uma criança mágica reprime ou esconde suas habilidades, geralmente se tornando "infectada" com um obscuro. Estas são crianças que normalmente desconhecem a comunidade mágica e estão sozinhas, para lidar com suas habilidades que não fazem sentido.
Quando vemos o obcurus no caso de Newt, ele está em um ambiente solitário, frio e escuro. Estas são manifestações físicas do que se sente sozinho, sem ninguém para ajudá-lo ou guiá-lo através do que está acontecendo.
É um ambiente sombrio porque é o que as crianças infestadas geralmente experimentam.