Os livros, claro, nunca dizem de onde vem a comida de Hogwarts. Mas eu não acho que isso seja um problema tão grande quanto você acredita ser.
Não é o caso que a comida não pode ser "transfigurada". O que Hermione diz em Relíquias da Morte é que é impossível criar do nada.
“Your mother can’t produce food out of thin air,” said Hermione. “no one can. Food is the first of the five Principal Exceptions to Gamp’s Law of Elemental [Transfiguration]... It’s impossible to make good food out of nothing! You can Summon it if you know where it is, you can transform it, you can increase the quantity if you’ve already got some..." (Chapter Fifteen)
A linha de Evocação significa que você não precisa se preocupar com o Expresso de Hogwarts fazendo corridas de suprimento. A linha de quantidade crescente significa que uma pequena quantidade de comida poderia alimentar milhares.
E eu acho que a última carta grátis "Get-Out-Of-Plot-Hole" são os Elfos Domésticos, cujos poderes são mal definidos, mas implicados em serem maiores que magos quando lhes permite cumprir suas obrigações domésticas. Até mesmo o Monstro é capaz de fazer comida excelente para o Trio em 12 Grimmauld Place, mesmo que não tenha sido habitado em mais de um ano.