Alterando os terminais no EWR
Acabei de encontrar esta ferramenta bacana que permite calcular a jornada entre terminais dentro de um de vários aeroportos dos EUA.
Eu fiz uma busca, aterrisando em Newark EWR e indo do terminal A para o terminal C (a mesma coisa parece se aplicar entre B e C). Aqui está um lik o resultado. Acontece que há um ônibus conectando os terminais, e sim você teria que passar por verificações de segurança , o que eu posso apenas supor incluir a imigração:
Retirada de bagagem para os trânsitos dos EUA
Em relação à sua bagagem, você primeiro pensou que não deveria ter que refazê-la, já que ela já está marcada como SJO. No entanto, receio que isso nem sempre seja o caso. Pelo contrário, depende da política do aeroporto. Como diz @Gagravarr, não é incomum que os vôos se conectem através dos EUA para que a bagagem seja recolhida pelos passageiros antes de atravessar a alfândega, então você pode ter que fazer um novo check-in.
Como um conselho geral ao viajar em voos de conexão envolvendo mudanças de terminal, assegure-se de ter tempo suficiente entre os vôos, para permitir que a bagagem seja transferida de um avião para o outro.