Existem alguns casos em que um olhar mais atento é justificado e que pode ser visto como "menos seguro depois de cozinhar":
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Sim, se a vida útil reduzida for menos segura. Se você tomar alimentos secos - qualquer coisa que tenha uma vida útil quase ilimitada - e (re-) hidratá-los, a vida útil diminuirá para meros dias. O mesmo vale para frutas e legumes (muitas vezes semanas ou até meses, por exemplo, abóboras, até dias).
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Se a sua definição de "cozinhar" não exigir um passo de aquecimento, a preparação de alimentos pode causar contaminação cruzada quando os germes do exterior / superfície são transferidos para o interior anteriormente seguro. Exemplo: cortar frutas que não foram bem lavadas.
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Um terceiro caso de "menos seguro" seria "cozinhar" com calor insuficiente: há uma linha tênue entre "mata os patógenos ao longo do tempo" e "cria um ambiente acolhedor onde os patógenos prosperam e se multiplicam alegremente". Observe que isso é discutido em detalhes em nossos posts genéricos sobre o tópico.
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Um caso de fronteira em uma discussão sobre "segurança alimentar" criaria subprodutos que poderiam ter efeitos negativos a longo prazo, como acrilamida ou resíduo de grelhar carvão. Mas isso é praticamente uma área cinza com muitas incertezas na equação. (E nós não discutimos saúde aqui no site em parte por causa disso.)