Não é um erro de continuidade: os Lanteans tinham um ZPM em seu navio e usaram isso para energizar o Atlantis.
No início do episódio, McKay aponta o problema ao apresentar a nova Gate Bridge:
McKay: So, I’m in Atlantis and I need to get to Earth. What do I do? Since we no longer have access to a ZedP.M. -- due to unforeseeable circumstances -- my only option would be to call the Daedalus and spend the next three weeks twiddling my thumbs waiting to get back home.
Stargate: Atlantis Season 3 Episode 10: "The Return: Part 1"
Sheppard confirma que a evacuação (por falta de uma palavra melhor) é cortesia de um ZPM dos Lanteans (ênfase minha):
Sheppard: Well, we are way ahead of schedule, ready to head out at 0800. Daedalus is gonna take most of the gear. People and our odds and ends will make their way through the Stargate, thanks to the Ancients' new ZeeP.M.
Stargate: Atlantis Season 3 Episode 10: "The Return: Part 1"
Sobre como o Atlantis está funcionando mesmo depois que o ZPM está esgotado em "McKay and Mrs. Miller", foi estabelecido desde a 1ª temporada que eles podem alimentar a cidade (em um grau limitado), e até discar dentro da galáxia Pegasus, usando geradores de comadah:
Beckett: What about our own power generators?
McKay: We're working on that, but even with our most advanced naqahdah power generators, the equations are coming up far short.
[...]
Sumner: Can we use the Stargate?
McKay: There's nowhere near enough power to open a wormhole back to Earth.
Sheppard: Maybe somewhere in this galaxy.
McKay: That's relatively easy.
Stargate: Atlantis Season 1 Episode 1: "Rising: Part 1"