Ele estava chorando por causa de Poke e ela sacrificando sua vida para salvá-lo (o que Ender o lembrou quando analisou a falta de egoísmo de Ender em treinar outras crianças no tempo livre). E, parcialmente, porque sentia falta da irmã Charlotta, que lhe deu sua primeira casa de verdade.
If Ender Wiggin has this weakness, then I will not be anything like him. I am not going to sacrifice myself for anybody. And the beginning of that is that I refuse to lie in my bed and cry for Poke floating there in the water with her throat slit, or boo-hoo because Sister Carlotta isn't asleep in the next room.
He wiped his eyes, rolled over, and willed his body to relax and go to sleep. Moments later, he was dozing in that light, easy-to-rouse sleep. Long before morning his pillow would be dry. ("Ender's Shadow", Chapter 7 - Exploration)
Por favor note que Bean NÃO estava sem emoções - ele explicitamente observou para si mesmo em Ender's Shadow que ele tinha emoções humanas normais; ele simplesmente se recusou a ser governado por eles.