Isso será tratado como uma única viagem (perna), porque você está realmente reservando um voo do SIN para o SFO com uma parada. Então você pode (e é esperado) fazer o check-in para ambos os vôos até a SFO.
Se houvesse duas "caixas" separadas com esses dois voos, elas seriam tratadas como duas pernas separadas na reserva.