Esqueça os andares e os níveis e pense nas seções.
Divida o mapa em seções gerenciáveis. Cada seção pode ser uma sala grande com várias entradas, um corredor com alguns quartos e duas saídas, etc. Dê a cada seção um nome e cada saída / entrada um número. Enquanto os jogadores exploram o complexo, você apenas os manipula na seção do mapa relevante, e faz anotações manuscritas em qual seção / porta se conecta a qual seção / porta quando o jogador as descobre. Ou deixe o jogador fazer essas anotações.
Além disso, em nosso grupo, o Mestre geralmente mantém um fluxograma muito simples detalhando as seções e as conexões entre eles, tanto para referência quanto como um local para escrever notas rápidas sobre seções e salas específicas para qualquer coisa que você achar adequada.
Você realmente não deve se preocupar em fazer uma simulação perfeitamente realista de um complexo subterrâneo, e seus jogadores provavelmente também não precisam dele.