"Minority Report" é a primeira coisa que vem à minha mente. Mas, é claro, há muitos outros exemplos de SF ... assim como muitos filmes do tipo "absolutamente não-SF" como CSI, etc.
Por quê? Qual é a razão para dizer às pessoas que usar telas, viewports etc. com fundo transparente e todas as coisas que vêem por trás é útil, quando não é útil. Isso faz com que seus olhos fiquem cansados e isso torna você menos focado em detalhes, desorientado, etc.
Existe algum livro ou filme de ficção científica, que aborda especificamente este tópico - ou seja, contém uma explicação razoável, por que tais telas são usadas ou uma tentativa de provar, que elas são melhores que as telas hoje não transparentes?
Para responder à pergunta no universo, não, não há razão para ter telas transparentes e transparentes.
Fora do universo, como observado em alguns dos comentários, é para que os espectadores vejam melhor os personagens. Aqui está um artigo da TVTropes sobre isso: No espaço que todos podem ver seu rosto AVISO: link TVTropes
Basicamente, a produtora está pagando muito dinheiro a esses atores, e eles querem ter certeza de que estão recebendo o valor de seu dinheiro.