Seu segundo exemplo é correto, porque a seção Critical Hits diz:
A critical hit means that you roll your damage more than once, with all your usual bonuses, and add the rolls together.
Está escrito ainda mais claro na seção Multiplying Damage:
Roll the damage (with all modifiers) multiple times and total the results.
Portanto, tal personagem inflige um mínimo de 2 pontos de dano não letal em um golpe bem-sucedido com uma arma com um multiplicador x2 crítico.