Ninguém irá verificar mais tarde. Na verdade, eles querem ter certeza de que você tem um lugar para ficar. Se reservou um hotel, significa que tem fundos para cobrir a sua estadia. Ok, alguns dirão que alguns hotéis podem ser reservados sem cartão de crédito, mas, para muitos hotéis, você não pode realizar nenhuma reserva sem um cartão de crédito.
Então a resposta é que não acho que isso afetará a validade do visto. Contanto que ele tenha uma reserva válida, tudo ficará bem.
Tenha também em mente que os cheques de reserva são realizados aleatoriamente (provavelmente quando tiverem dúvidas) e certamente não são sistemáticos ... Seria muito complexo executá-lo sempre.