Magia.
Scarlet Witch tem habilidades que são, obviamente, muito além do que pessoas reais podem fazer. Embora eles nunca tenham realmente usado a palavra "mágica" no universo do cinema, nos quadrinhos, seu poder é explicitamente mágico. Como tal, é injusto esperar que tenha qualquer base na realidade física.
No filme, ela recebeu poderes telecinéticos e telepáticos da Pedra da Mente embutida no cetro de Loki. Isso permite que ela, entre outras coisas, exerça uma força contra os objetos mentalmente, sem ter que estar em contato com eles. Neste caso específico, ela foi capaz de exercer uma força contra o trem que foi destacado do trem - não era o corpo dela que estava puxando contra as rodas do trem, era totalmente mental, então não importava que ela estivesse dentro do trem na época.
Se você olhar com cuidado, muito o que ela está fazendo é apenas aplicar os freios: ela impede que as rodas girem da mesma forma que um sistema de freios. No entanto, também podemos vê-la "puxando" o trem enquanto o faz, para descansar ainda mais. A parte de frenagem, é claro, é apenas atrito, mas a outra parte é toda sobre seus poderes.