Depende da continuidade
De acordo com o wiki do Batman :
The murderer is consistently identified as Joe Chill, though the mythos alternates between versions where Batman finds out and where Batman never finds out. Chill has also alternated between being a mere mugger who randomly selected the wealthy Waynes, and a hitman who murdered them intentionally (the former is the most common interpretation).
The reason given for Chill leaving Bruce alive has varied. Sometimes it was because Chill couldn't kill a child, sometimes because Chill heard a policeman's whistle, police siren, or a rapidly approaching policeman. Often, it is because of the cold, frightening look the young Wayne boy gave Chill after the crime; Chill hesitated and ran away.
Joe Chill não poderia machucar uma criança
De acordo com os quadrinhos de 2004 "Fear Itself", Joe Chill simplesmente não fez " tem coragem de matar Bruce. Nesta história, Chill é retratado como propriamente paranóico, preocupado que o milionário Bruce Wayne o reconheça e o mande para a prisão, ali para aguardar sua execução.
A polícia o assustou
Em Arkham Asylum (2009), parece que consigo distinguir o som das sirenes depois que Joe Chill mata os pais de Bruce na narração. O wiki provavelmente está se referindo a outra coisa, no entanto.
Bruce Wayne assustou-o
Como este primeiro comic o teria, Batman tinha um olhar tão intenso que o assassino endurecido se virou e fugiu.
O que aconteceu nos filmes Dark Knight ?
Tanto quanto eu posso dizer, não há razão óbvia. Nenhuma sirene de polícia ou apito, como aparentemente tem sido o caso em outras continuidades. A resposta de Kevin cobre muito bem as possíveis motivações de Chill e, até onde sei, não houve resposta definitiva de Nolan ou de outros envolvidos.