Não, você não precisará pagar nenhuma taxa adicional.
Qualquer taxa aeroportuária aplicável será incluída no seu bilhete e é irrelevante se você passar as 6 horas inteiras dentro da zona de segurança de Schiphol ou se você usar uma parte dela para se aventurar fora do aeroporto.
É inteiramente a seu critério como você gasta esse tempo. Apenas certifique-se de voltar no tempo para passar pela segurança a tempo de pegar seu voo.