Você pode absolutamente fazer isso. No entanto, a escolha de assentos no check-in realmente torna improvável que você possa se sentar juntos.
A maneira de jogar pelo seguro é pagar por reservas de assento no momento da reserva e reservar assentos lado a lado para que você esteja junto. A disponibilidade deve ser boa se você fizer isso ao reservar o bilhete.
Você certamente pode fazer do jeito que você delineou, mas há uma grande probabilidade de você não se sentar junto, e enquanto a companhia aérea pode pedir para as pessoas se mudarem, porque sua filha não é tão jovem, os passageiros serão não tem obrigação de se mudar para ela. (Na verdade, se eles pagassem pela reserva de seu próprio assento, eles poderiam se ressentir de ser perguntado.)
Pague por lugares na reserva e seu problema está resolvido.
Uma outra opção: você pode reservar isso como dois voos de ida. Reserve um voo só de ida para o destino, com os dois como passageiros e, em seguida, um voo de ida para casa apenas para ela. Você ainda corre algum risco de não se sentar junto se você não pagar a taxa de assento, mas o risco é menor desde que você estará verificando fisicamente em simultâneo. (Isso ainda será baseado na disponibilidade do curso. Se tudo o que resta são assentos no meio, vocês dois vão estar nos assentos do meio, e não juntos.)