Tanto quanto me lembro, o dispositivo de fase Tollan foi introduzido antes dos detalhes de como os trabalhos da íris eram explicados.
Na verdade, a primeira vez que a íris é introduzida, eles não falam muito sobre isso. Este extrato foi retirado da transcrição Gateworld do episódio piloto "Crianças dos deuses ":
SAMUELS: (into radio) Close the iris! Close the iris!
O'Neill starts down the ramp, but he stops and turns to see the metal "iris" suddenly slide across the wormhole, contracting much like the iris of a human eye. O'Neill, Carter, and Daniel stop and stare as the iris closes, completely sealing the Stargate.
INTERCOM: Iris locked.
The security door slides up, and O'Neill turns to General Hammond, who has entered and is standing at the base of the ramp. We hear, but cannot see, the wormhole shutting off.
INTERCOM: Wormhole disengaged.
O'NEILL: What the hell is that, sir?
HAMMOND: That's our insurance against any more surprises. (as the iris slides back) It's pure titanium - hopefully impenetrable.
Hammond's attention turns back to the ramp, ...
E é tudo o que ouvimos sobre esse episódio.
Na época, quando alguém estava tentando atravessar o portão com a íris fechada, houve um grande baque parecido com o que você esperaria se alguém fosse lançado contra uma parede sólida. Eu acho que a íris foi até mesmo se movendo em alguns casos. Tudo isso não parece muito consistente com a "matéria não" nem mesmo reintegrar a "teoria da íris".
Assim, a princípio, a íris era apenas essa barreira impenetrável e, como o dispositivo de tollan existia para penetrar em objetos sólidos, era lógico que ela também penetrasse na íris.
A íris foi mais tarde destruída e substituída por uma reforçada com trínio no episódio " A Matter of Time " mas eu não acho que então expliquei muito mais ainda (não há transcrição, e não posso ser incomodado em ligar o DVD agora). Talvez eles tenham dito um pouco mais no episódio Serpent's Song quando o Sokar estava disparando um acelerador de partículas na íris.
Em qualquer caso, eu não sei quando a explicação de 3µ foi dada, mas foi certamente depois que os Tollans foram encontrados pela primeira vez na 1ª temporada. (Eu estava tão errado sobre isso: foi dado no episódio 102)
Então, na minha opinião, é uma dessas pequenas inconsistências que eles não se incomodaram em explicar no cânon.