Deixe-me responder minha própria pergunta. Acabei de voltar da viagem e descobri que as lojas de aluguel de motos são abundantes nas Filipinas (mas geralmente não são anunciadas on-line). O preço é geralmente cerca de 600PHP (12 USD) por um dia. Mesmo em lugares rurais onde não há empresas de aluguel, é fácil conseguir um aluguel com os moradores locais.
Eu aluguei 6 motos diferentes em todo o país e não tive nenhum problema.